برداشت بی‌رویه آب برای کشاورزی در زمین‌های بالا دست تالاب‌ها و بازده پایین مصرف آب در بخش کشاورزی، بحرانی است که این روزها اگر مدیریت نشود دشواری‌های بسیاری را نه‌تنها در بخش محیط زیست، که در ساختارهای اقتصادی، اجتماعی منطقه به دنبال دارد. تغییرات به‌وجود آمده در حوزه‌ی آب‌ریز بختگان موجب تغییرات گسترده در وضعیت تالاب‌های طشک، بختگان و کمجان شده است. توسعه ناپایدار و نامتوازن در حوزه سدسازی‌، توسعه بی‌رویه زمین‌های کشاورزی، توسعه متمرکز صنایع در این حوزه، توسعه مراکز شهری و روستایی بخشی از این تغییرات است.

تلاش‌هایی در جریان است تا بخشی از تالاب‌های بختگان و طشک به سایت دفن زباله شهر ارسنجان تبدیل شود؛ در صورت راه‌اندازی این سایت دفن زباله، شیرابه‌های آلوده به بستر تالاب بختگان راهی خواهد شد